La Rectoría, a cargo del Sr. Felipe Neira, tiene la misión de liderar la Comunidad educativa en el cumplimiento de la misión, visión y objetivos estratégicos institucionales establecidos por la Corporación Educacional Saint John’s School, gestionando la docencia, a través de la entrega de educación de calidad; la relación de bienestar de los alumnos y familias que integran la Comunidad, por medio de la administración, en equipo con gerencia, de los recursos humanos, financieros y logísticos que garanticen la ejecución de los programas docentes.
La misión encomendada a la Gerencia General, liderada por el Sr. Gonzalo Villanueva, es gestionar y administrar los recursos financiero-contables, tecnológicos e informáticos y bienes muebles e inmuebles para el apoyo y funcionamiento óptimo y eficiente de la Corporación, planificando, programando y ejecutando las actividades relacionadas con inversiones, abastecimiento, preservación, mantención y contratación de servicios que aseguren la calidad y continuidad de la función primaria del Colegio.